El patrimonio natural de las Cinco Villas es, por lo tanto, rico y variado: al norte se impone la sierra de Santo Domingo, cuyo norte está surcado por el río Onsella, protagonista de la Val d´Onsella y donde nacen otro 2 de los principales ríos de la Comarca: el Arba de Luesia y el Arba de Biel. Se trata de un espacio a caballo entre los paisajes mediterráneos y los paisajes más alpinos pirenaicos, lo que lo dota de una gran biodiversidad.
Bordeando la comarca encontramos la Bardena, los montes de Castejón y las sierras de Erla, Luna y Las Pedrosas. La Bardena es un espacio especialmente interesante y singular, donde destacan los bosques de pino matorral mediterráneo “las rallas” (singulares escarpes rocosos) y una variada flora y fauna, especialmente ornitológica.
Al este se encuentra el río Gállego, que marca la frontera con la Hoya de Huesca y el Ebro cierra la comarca al Sur, en el municipio de Tauste, interesantes puntos medioambientalmente hablando, que albergan una rica y variada flora y fauna.
Son muy abundantes los humedales, fundamentalmente en la parte sur de la comarca, donde habitan numerosas especies de aves, algunas de ellas anidan entre su tupida vegetación de carrizos y aneas, otras durante todo el invierno y otras como punto de descanso en sus vuelos migratorios.
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